Zur Diagnose einer Lebensmittelallergie wird es kommen, wenn Anzeichen und Symptome nach einem Essen auf eine Allergie hindeuten. Diese geben dann schon einen ersten Hinweis auf das mögliche Allergen, da anhand der zugenommenen Nahrungsmittel in der Regel schon auf den Allergie auslösenden Stoff geschlossen werden kann. Weitergehende Gewissheit liefern dann spezielle Haut- und Bluttests. Bei dem Prick- oder Scratch-Test werden kleine Mengen der Nahrungsmittel in die Haut eingebracht. Erfolgt eine allergische Reaktion in Form von Rötungen oder Quaddelbildung, dann hat man den Auslöser identifiziert. Weitere Möglichkeiten zur Differentialdiagnose stellen Bluttests dar, mit deren Hilfe spezifische, für das Allergiegeschehen verantwortliche Antikörper im Blut nachgewiesen und bestimmt werden können.